È uno dei musei più importanti al mondo per le collezioni di epoca magnogreca. Istituito nel 1887 nell’antico Convento dei Frati Alcantarini, ha un percorso espositivo distribuito su due piani e copre un arco cronologico che va dalla preistoria all’epoca altomedievale. Il nuovo allestimento, inaugurato nel 2016, offre un percorso che inizia dal secondo piano, con le fasi più antiche della storia dell’insediamento in Puglia (Paleolitico e Neolitico), per giungere alla fondazione della colonia greca e alla città classica ed ellenistica. Il Museo offre ai visitatori una programmazione culturale varia e destinata a diversi pubblici, tra cui i visitatori con disabilità. Il piano terra ospita attività didattiche per scuole, bambini e adulti.