Il Museo ospita a Pisa i manufatti rinvenuti all’esterno delle mura della città medievale verso il mare durante lo scavo archeologico, dove sono stati trovati relitti delle navi antiche con i loro carichi (oltre 13.000 anfore da trasporto), parti di abitazioni e di una piccola necropoli, esistenti nell’antichità sulla riva dell’antico corso del fiume Serchio. Due sono le azioni dell’intervento compreso nel Piano Grandi Progetti Strategici come segue: a) completamento del restauro degli Arsenali, restauro e documentazione dei reperti, allestimento del Museo, supporti didattici; b) restauro e sistemazione del complesso di San Vito e trasferimento della sede della Soprintendenza e del centro di restauro del Legno Bagnato.