È stata fondata dai Francescani fin dagli anni in cui il santo fondatore era in vita. Nel 1494 Biagio Rossetti viene incaricato dal Duca Ercole I di erigere l’attuale edificio. La facciata in mattoni è scandita da lesene di marmo al primo ordine, e di cotto e laterizio al secondo, raccordato all’inferiore da volute laterali molto ampie, frutto dei rifacimenti effettuati dopo il terremoto del 1570. Anche la fiancata, come in molte chiese di Rossetti, è molto importante: costeggia l’antica via di San Francesco (oggi Voltapaletto – Savonarola – Cisterna del Follo), ed è decorata con paraste in cotto che segnalano la posizione dei muri delle cappelle.